Su captura prácticamente desapareció al Cártel de Guadalajara, que ya se encontraba debilitado pues Rafael Caro Quintero y Ernesto Fonseca Carillo, ambos cabecillas de la organización, también habían sido capturados.
Entonces, nacieron varias bandas del narcotráfico de los subalternos de "El Jefe de Jefes": de una lado estaba el Cártel de Juárez, liderado por Amado Carrillo, "El Señor de los Cielos"; el Cártel de Tijuana, encabezado por los hermanos Arellano Félix; y el Cártel de Sinaloa, fundado por Joaquín Guzmán Loera, "El Chapo", Ismael "El Mayo" Zambada, y Juan José Esparragoza, "El Azul".
Sin embargo, las divisiones dentro de la organización yacían desde años antes, particularmente entre los sinaloenses y tijuanenses. El pronto auge que Guzmán Loeray su grupo habían alcanzado en la organización provocó roses con los temperamentales Arellano Félix, quienes no está de más decir se sentían protegidos por ser sobrinos de "El Jefe de Jefes".
Francisco Javier, Benjamín y Ramón Arellano Félix habrían sido quienes comenzaron la guerra con "El Chapo" o por lo menos dieron el primer golpe al asesinar a hombres del Cártel de Sinaloa.
Por ello, un anoche de 1987, Guzmán Loera acudió al Reclusorio Sur, en la Ciudad de México, donde se encontró con "El Azul", quien había sido detenido.
Con banquete y música, "El Chapo" llevó toda una fiesta a la prisión capitalina, según relata Miguel Ángel Martínez, expiloto del Cártel de Sinaloa y testigo protegido en el juicio contra Guzmán Loera en Estados Unidos.
El objetivo de la visita a "El Azul" era que éste concediera a "El Chapo" el permiso para asesinar a los hermanos Arellano Félix. Éste les dio su consentimiento.
Esparragoza Moreno es considerado un conciliador de conflictos con la capacidad mantener la paz entre dos o más organizaciones enemigas, quizá por ello Guzmán Loeranecesitaba su aprobación.
La disputa iniciada con la visita a "El Azul" incrementó con la caída de Félix Gallardo. Los enfrentamientos y asesinatos aumentaron en el pacifico norte del país.
Uno de los pasajes más emblemáticos de esta guerra entre narcos fue la matanza en la discoteca "Christine" en Puerto Vallarta, el 8 de noviembre de 1992.
Alrededor de 50 individuos fuertemente armados dispararon más de mil de sus balas en el establecimiento con el fin de asesinar a Francisco Javier y Ramón Arellano Félix, que se encontraban enfiestados en el lugar.
Los hermanos se salvaron al esconderse en el plafón del baño para salir por el ducto del aire acondicionado cuando los tiros habían terminado. En el lugar fueron asesinados seis personas y tres más heridas de gravedad.
Al año siguiente, el 24 de mayo de 1993, la disputa tomaba otras dimensiones cuando en el Aeropuerto Internacional de Guadalajara fue asesinado a balazos el cardenal Juan Jesús Posadas Ocampo.
Los asesinos habrían sido gatilleros de los Arellano Félix, quienes confundieron al religioso con "El Chapo", quien se encontraba en el lugar de los hechos.
Tras el magnicidio, el gobierno federal comenzó una cacería contra Guzmán Loera, quien fue detenido en Guatemala unas semanas después, el 9 de junio de 1993. Desde la cárcel, "El Chapo" aumentó su poderío criminal y preparó su venganza contra los Arellano Félix.
Tras fugarse en 2001, uno a uno, los hermanos líderes del Cártel de Tijuana fueron neutralizados.
En febrero de 2002, Ramón Arellano Félix fue asesinado en Mazatlán, Sinaloa; a las pocas semanas, en marzo del mismo año, Benjamín Arellano Félix fue detenido. Finalmente, Francisco Javier Arellano Félix fue capturado en agosto de 2006.
Para los primeros años del nuevo milenio, Guzmán Loera había formado "La Federación", el sindicato del narcotráfico más poderoso.
Esta organización estaba comandada por "El Chapo", "El Mayo", "El Azul", e Ignacio "Nacho" Coronel. También estaban los hermanos Beltrán Leyva.
Al Cártel de Sinaloa le vendrían los mejores años en su actividad delictiva, mientras el Cártel de Tijuana iba en picada.
Aun así, los sinaloenses parecen gustar de las disputas, en los años siguientes el Cártel del golfo, Los Zetas y el Cártel de Tijuana se convertirían en sus enemigos.
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